2012-13 sezonu Ziraat Türkiye Kupası şampiyonu olan takımımız bu sezon kupa serüvenine 4. Ön eleme Turundan başladı. İlk maçımızda İkinci Lig ekiplerinden Bugsaşspor ile karşılaştık. Biraz zor da olsa ilk maçımızı 2-1 alarak bir üst tura çıkmayı başardık
Fenerbahçe - Bugsaşspor: 2-1 (4. Tur)
Pendikspor - Fenerbahçe: 2-4 (5. Tur)
Kupanın 5. tur maçında ise rakibimiz Pendikspor oldu.Deplasmanda karşılaştığımız rakibimize bu sefer sürpriz şansı vermedik ve 2-4 yenerek Ziraat Türkiye Kupası'nda gruplara kalmayı başardık.
