Wembley'de attığı golle Portsmouth'a tarihinin ikinci Federasyon Kupası'nı kazandıran tecrübeli Nijeryalı Kanu takımıyla 1 yıllık yeni bir sözleşme yaptı. 2006 yılında Portsmouth'a gelen Kanu 69 maçta 19 gol kaydetti. Yıldız oyuncu 2007/08 Sezonu'ndaysa 20 maça çıktı.
Daha önce Ajax, Inter Milan, Arsenal ve West Brom formaları da giyen, 2006 yılında Portsmouth'a gelen, bu sezon Wembley'de oynanan Federasyon Kupası finalinde attığı golle takımına tarihinin ikinci şampiyonluğunu getiren Nijeryalı Nwankwo Kanu Portsmouth'la nikah tazeledi.
Portsmouth adına BBC'ye konuşan Peter Storrie "Kendisine teklifimizi sunduk, kararını bekliyoruz. İyi bir teklif yaptık, Kanu'nun da kabul edeceğini tahmin ediyoruz" dedi.
Portsmouth formasıyla 69 maçta 19 gol atan Kanu 2007/08 Sezonu'ndaysa 20 maça çıktı.