Sorunun kaynağı bulundu.

tüm sistemi sömüren Cuil arama motoruna ait Twiceller adındaki crawl botuymuş.

Web sitesinin içeriğini topluyor, arama sonuçlarında çıkması için tabi bunu yaparkende aynı anda bir çok kez scriptleri çalıştırıyor, scriptlerde sürekli veritabanından sorgu yaptıkları için veritabanını zorluyor ve işlemci kullanım oranı tavan oluyor, DDOS saldırısı gibi sisteme erişimi engelliyor.

Detaylı bilgi
http://www.sitepoint.com/forums/showthread.php?t=560037
http://forum.x-cart.com/showthread.php?t=34911