UEFA Kupası'ndaki temsilcimiz Galatasaray'ın rakibi belli oldu. Metalist'in grubu lider bitirmesiyle 2. sırada kalan temsilcimiz Galatasaray, Şampiyonlar Ligi'nde 3. olup UEFA Kupası vizesi alan Fransa temsilcisi Bordeaux ile eşleşti.

UEFA Kupası 3. tur ilk maçları 18-19 Şubat 2009, rövanş mücadeleleri ise 26 Şubat 2009 tarihlerinde oynanacak. Galatasaray ilk maçı deplasmanda oynayacak.